Die Rinderkrankheit BSE (erstmals 1986 in Grossbritannien festgestellt) und die daraus folgende Krise für die gesamte Wertschöpfungskette der Fleischwirtschaft hatte auch ihre Auswirkung auf das Image und die Beliebtheit des Metzgerberufes. Hinzu kamen vermehrte Betriebsschliessungen Ende der 80er- und Anfang der 90er-Jahre und damit verbunden auch konstant abnehmende Ausbildungsplätze. Die Branche steckte in einer Krise, welche aber um die Jahrtausendwende mit strategischen Entscheidungen abgewendet werden konnte. Aus dem bisherigen Beruf des Metzgers ("Typ A" bzw. "Typ B") wurden die Berufe der Fleischfachleute EFZ und Fleischfachassistenten EBA. Im Falle der Fleischfachleute wurden drei Fachrichtungen (Gewinnung, Verarbeitung und Veredelung) geschaffen. Besonders mit der Fachrichtung "Veredelung" wurde der Beruf nun attraktiv für viele, die nichts mit der Schlachtung, der Verarbeitung oder der Wursterei anfangen können oder wollen. Zudem ergaben sich mit dem neuen System wieder mehr Ausbildungsplätze, weil auch Betriebe angehende Fleischfachleute ausbilden konnten, die "lediglich" veredeln und verkaufen.