La maladie de la vache folle (ESB) (détectée pour la première fois en 1986 en Grande-Bretagne) et la crise qui s'en est suivie pour l'ensemble de la chaîne de création de valeur de l'industrie de la viande ont également eu un impact sur l'image et la popularité du métier de boucher. A cela s'est ajouté un nombre croissant de fermetures d'entreprises à la fin des années 80 et au début des années 90, ce qui a entraîné une diminution constante des places de formation. Le secteur a connu une crise qui a toutefois pu être évitée au tournant du millénaire grâce à des décisions stratégiques. L'ancienne profession de boucher ("type A" ou "type B") est devenue celle de boucher-charcutier CFC et d'assistant en boucherie et charcuterie AFP. Dans le cas des bouchers-charcutiers, trois spécialisations ont été créées (extraction, transformation et affinage). C'est surtout avec l'orientation "transformation" que le métier est devenu attractif pour de nombreuses personnes qui ne peuvent ou ne veulent rien faire avec l'abattage, la transformation ou la charcuterie. En outre, le nouveau système a permis d'augmenter le nombre de places d'apprentissage, car les entreprises qui ne faisaient "que" de la transformation et de la vente pouvaient également former des futurs bouchers-charcutiers.